Pažymėtina, kad norėdama gauti sąskaitas per sistemą, perkančioji organizacija (PO) taip pat turi susikurti paskyrą IS "E. Sąskaita". Jeigu PO neturės paskyros sistemoje, o tiekėjas norės pateikti sąskaitą faktūrą, jis gaus pranešimą, kad perkančioji organizacija dar neturi paskyros sistemoje. Perkančiosios organizacijos paskyra kuriama taip pat kaip ir kitų juridinių asmenų paskyros.