Paskyrą informacinėje sistemoje (IS)  "E. sąskaita" gali sukurti tik juridinio asmens vadovas, prisijungdamas su elektroninio identifikavimo priemonėmis (mobilusis parašas, el. parašas lustinėje kortelėje ar kriptografinėje laikmenoje, el. bankininkystė ar kt.), arba jo įgaliotas asmuo (jeigu  įgaliojimas yra VĮ Registrų centro įgaliojimų posistemėje), prisijungdamas analogiškais būdais. Kurdamas paskyrą įmonės vadovas ar jo įgaliotas asmuo turi patvirtinti susipažinimą su naudojimosi sąlygomis, užpildyti įmonės ir savo kontaktinius duomenis, taip pat gali paskirti paskyros administratorių. Svarbu nepamiršti išsaugoti įvestų duomenų.Įmonės vadovas arba paskyros administratorius prie paskyros naudotojų gali priskirti kitus asmenis, kurie ateityje dirbs paskyroje, ir nustatyti jiems naudotojų roles (sąskaitų faktūrų tvarkytojo, perkančiosios organizacijos atstovo).